Da Den Internationale Kommission afsluttede sit arbejde 15. juni 1920, var afmærkningen af den fysiske grænselinje endnu ikke sket.

Det blev først tilendebragt 1920-21 og blev udført af Grænseafstikningskommissionen efter instrukser fra Den internationale Kommission.

Den 68 km lange grænse fra Flensborg Fjord til Vadehavet blev nøje gennemgået, grænsemærker blev udsat i vandet, og grænsesten blev nedsat langs landegrænsen.

Så vidt muligt lod man grænsen følge vandløbene Kruså, Skelbækken, Gammelå og Sønderå. Det var midtlinjen i vandløbet, der dannede grænsen.

Det medførte, at grænsen fulgte vandløbene i deres langsomme, naturlige forskydninger. Når vandløb havde ændret deres forløb, skulle en særlig grænsevandløbskommission fastsætte nye skel.

Efter de i alt 279 grænsesten var nedsat, blev der udarbejdet et “Grænseatlas” med 58 blade, som i stor målestok gengav såvel landegrænsen som søgrænsen mellem Danmark og Tyskland.

Beskrivelsen af grænsen med det tilhørende atlas blev godkendt i Paris den 3. september 1921.

Hele arbejdet med grænsedragningen mellem Danmark og Tyskland blev afsluttet med en traktat den 10. april 1922. Denne traktat har været udgangspunkt for arbejdet i den dansk-tyske grænseinspektion siden da.

Hver 10. år skal danske og tyske politikere og embedsmænd i fællesskab kontrollere, om alle grænsemærker i vandløb og alle grænsesten på landjorden fortsat er i forsvarlig stand. I 2004 blev den seneste kontrol gennemført.

Langs den gamle grænse fra 1864 blev alle grænsesten gravet op, og overladt til Danmark.

Grænsestenene blev fordelt som erindringsstykker til steder med nationale mindesmærker samt til danske højskoler og museer i Sønderjylland.

Ved indgangen til Sønderborg Slot står to grænsesten fra 1864-grænsen.