Mit dem Abschluss der Arbeit der Internationalen Kommission am 15. Juni 1920 war die physische Grenzlinie noch nicht endgültig gezogen worden.

Das geschah erst im Verlauf der Jahre 1920-21 und erfolgte durch eine Grenzziehungskommission nach den Anweisungen der Internationalen Kommission.

Die 68 km lange Grenze von der Flensburger Förde bis zum Wattenmeer wurde exakt abgegangen, Grenzmarkierungen wurden im Wasser und Grenzsteine entlang der Landgrenze gesetzt.

So weit es möglich war folgte die Grenze den Wasserläufen der Krusau, der Skelbek, der Alten Au und der Süderau.

Allerdings folgte daraus, dass die Grenze den langsamen, natürlichen Veränderungen der Wasserläufe folgte. Wenn der Verlauf der Grenzbäche sich änderte, sollte jeweils eine Grenzwasserverlaufskommission die neue Scheidelinie festlegen.

Nachdem insgesamt 279 Grenzsteine gesetzt worden warem wurde ein „Grenzatlas“ mit 58 Blatt erstellt, der in einem kleinen Maßstabs  sowohl die Landesgrenzen als auch die Gemeindegrenzen zwischen Deutschland und Dänemark aufzeichnete.

Die Beschreibung der Grenzen mit dem dazu gehörigen Atlas wurde in Paris am 3. September 1921 anerkannt.

Insgesamt wurde der Prozess der Grenzziehung zwischen Deutschland und Dänemark vertragsmäßig am 10. April 1922 beendet. Dieser Vertrag wurde zum Ausgangspunkt einer deutsch-dänischen Grenzinspektion, die bis in die Gegenwart durchgeführt wird.

Alle zehn Jahre kontrollieren deutsche und dänische Politiker und Beamte gemeinsam, ob alle Grenzmarkierungen in den Wasserläufen und alle Grenzsteine im Landschaftsverlauf immer noch im korrekten Zustand sind. 2004 wurde die letzte Kontrolle durchgeführt.

Entlang der alten Grenze von 1864 wurden alle Grenzsteine ausgegraben und Dänemark überlassen. Die Grenzsteine wurden Orten übergeben, die nationale Gedenkstätten unterhielten, oder dänischen Volkshochschulen oder Museen als Erinnerungsstücke geschenkt.

Am Eingang des Sonderburger Schlosses stehen zwei Grenzsteine der Grenze von 1864.